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fr:impilopedia:genex:rnaseq:airway_project:0.tree_structure [2026/02/12 10:18] – [Introduction] foisysfr:impilopedia:genex:rnaseq:airway_project:0.tree_structure [2026/02/12 10:26] (Version actuelle) – [Introduction] foisys
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 Ok, maintenant, du point de vue logique... Comme mentionné ci-dessus, un projet de transcriptomique utilisant la techno RNASeq part d'un ensemble de fichiers qui doivent être analysés par des outils qui dépendent d'index qui restent relativement statiques. De plus, ces index sont non seulement exigeants en espace mais aussi exigeant dans leur création; on a un avantage à les créés le moins souvent possible en les partageant pour le groupe et non pour les garder pour soi. Donc, comment planifier notre stockage? Une proposition: Ok, maintenant, du point de vue logique... Comme mentionné ci-dessus, un projet de transcriptomique utilisant la techno RNASeq part d'un ensemble de fichiers qui doivent être analysés par des outils qui dépendent d'index qui restent relativement statiques. De plus, ces index sont non seulement exigeants en espace mais aussi exigeant dans leur création; on a un avantage à les créés le moins souvent possible en les partageant pour le groupe et non pour les garder pour soi. Donc, comment planifier notre stockage? Une proposition:
  
-  * Les index sont mis à l'extérieur du projet lui-même car ils peuvent être utilisés par plusieurs usagers pour leurs propres projets. Appellons ce répertoire ''align_indexes'' +  * Les index sont mis à l'extérieur du projet lui-même car ils peuvent être utilisés par plusieurs usagers pour leurs propres projets. Dans la grappe SuperClafoutis, ce répertoire est ''/shares/data/indexes'' et se trouve sur un serveur NFS. 
   * Chaque outil demandant ses propres index, il faudra alors créer une architecture pour chaque outil.   * Chaque outil demandant ses propres index, il faudra alors créer une architecture pour chaque outil.
   * Comme un projet est un projet parmi possiblement plusieurs autres, on créera un répertoire dans notre espace personnel que nous appellerons ''analysis''. Évidemment, c'est votre choix mais chercher à rester consistent pour le reste :-)   * Comme un projet est un projet parmi possiblement plusieurs autres, on créera un répertoire dans notre espace personnel que nous appellerons ''analysis''. Évidemment, c'est votre choix mais chercher à rester consistent pour le reste :-)
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 +La suite: [[index_creation_main|création des index pour les outils d'alignement utilisés pour ce tutoriel.]]