Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- fr:impilopedia:genex:microarrays:qc:qc_main [2016/11/04 09:53] – foisys
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+====== Contrôle de la qualité des données d'expression génique ======
+===== Introduction =====
+Les plateformes de criblage de l'expression génique à haut débit sont des techniques puissantes mais aussi sensibles à plusieurs éléments de variabilité, autant de nature biologique que de nature technique:
+=== Variabilité biologique ===
+  * Variations génétiques
+  * Variations dans le prélèvement du matériel
+  * Abondance des ARNm obtenus
+=== Variabilité technique ===
+  * Préparation des ADNc à partir des ARNm isolés
+  * Incorporation de fluorophores
+  * Qualité des puces
+  * Hybridation
+  * Acquisition des images
+Pour toutes ces raisons, il est souhaitable de vérifier la qualité des données obtenues avant de procéder à la normalisation et l'analyse de l'expression différentielle. Des réplicats ayant trop de variations vont nécessairement induire des problèmes à des étapes ultérieures; il est donc nécessaire de les identifier tôt dans le processus.
+===== Affymetrix: contrôle de la qualité =====
+==== Approche GUI ====
+  * Plus à venir: utilisation de RMAExpress pour les graphes NUSE et RLE
+==== Approche CLI ====
+  * [[.:affy_simpleaffy|affy() et simpleaffy()]]
+  * [[.:affy_affyqcreport|affyQCReport()]]
+  * [[.:affy_affyplm_qc|affyPLM()]]
+  * [[.:affy_aqm_affy|arrayQualityMetrics()]]
+===== Agilent: Contrôle de la qualité =====
+  * Plus à venir...
+===== Illumina: Contrôle de la qualité =====
+  * Plus à venir...
+==== Approche CLI ====
+  * [[.:illumina_aqm|arrayQualityMetrics()]]
+  * [[.:illumina_lumi|lumi()]]
+===== Nimblegen: Contrôle de la qualité =====
+  * Plus à venir...