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| fr:impilopedia:dataformat:dataformat_main [2017/03/01 09:45] – foisys | fr:impilopedia:dataformat:dataformat_main [2021/09/16 15:40] (Version actuelle) – [Formats de distribution de séquences] foisys |
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| | ====== Les divers formats de données retrouvés en bio-informatique ====== |
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| | ===== Introduction ===== |
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| | Depuis maintenant des lustres, la biologie génère de résultats analogiques: photos, autoradiogrammes, chimiofluorescence, etc. Le changement de paradigme provoqué par les plateformes à haut débit à pousser les biologistes à passer au numérique: toutes, vraiment toutes, les plateformes à haut débit, moteurs du développement des -omiques, ne génèrent QUE des fichiers comme résultats bruts, qui ne se travaillent qu'en utilisant un ordinateur qui crée d'autres fichiers et ainsi de suite. |
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| | Il devient de première importance de connaitre le format de ces fichiers afin d'utiliser les bons outils pour les manipulés. D'aucune manière, nous cherchons à faire un répertoire exhaustif mais simplement une présentation des problématiques retrouvées et des solutions possibles. |
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| | — //[[sylvain.foisy@diploide.net|foisys]] 2021/09/16 15:39//— |
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| | ===== Formats fréquemment retrouvés ===== |
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| | ==== Formats de séquences biologiques ==== |
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| | * [[:fr:impilopedia:dataformat:formats_seq:fasta|FASTA]] |
| | * [[:fr:impilopedia:dataformat:formats_seq:fastq|FASTQ]] |
| | * [[:fr:impilopedia:dataformat:formats_seq:genbank|Genbank]] |
| | * [[:fr:impilopedia:dataformat:formats_seq:embl|EMBL]] |
| | * [[:fr:impilopedia:dataformat:formats_seq:ddbj|DDBJ]] |
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| | ==== Formats de description des annotations de séquences ==== |
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| | * [[:fr:impilopedia:dataformat:formats_annotations:bed|BED]] |
| | * [[:fr:impilopedia:dataformat:formats_annotations:gff2_3|GFF2 et GFF3]] |
| | * [[:fr:impilopedia:dataformat:formats_annotations:gtf|GTF]] |
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| | ==== Formats de description structurale ==== |
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| | * [[:fr:impilopedia:dataformat:formats_struct:pdb|PDB]] |
| | * [[:fr:impilopedia:dataformat:formats_struct:ccif|CCIF]] |
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| | ==== Formats d'alignement de séquences ==== |
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| | * [[:fr:impilopedia:dataformat:formats_multi:sam_bam|SAM/BAM]] |
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